在菲律宾建立的耐药细菌的DNA测序和分析

菲律宾的抗生素耐药性监测已进入基因组时代，可以更好地跟踪危险细菌。基因组病原体监测中心(位于牛津大学威康桑格研究所和大数据研究所(BDI)的牛津大学的CGPS)和菲律宾热带医学研究所(RITM)的研究人员建立了当地的DNA测序和分析方法。菲律宾的耐药菌。这种基因组能力增强了正在进行的国家感染控制，包括跟踪对最后一线抗生素的耐药性传播并在医院婴儿病房中鉴定耐药性感染，从而有助于控制疫情。

本周在《自然通讯》上报道的这项研究表明，在低收入和中等收入国家的国家监测网络中，本地基因组测序的功能十分强大，并且可以扩展到其他地区，以应对全球对抗菌素耐药性的挑战。

抗菌素耐药性(AMR)是一个全球性的健康问题，在世界所有地区都存在对常见抗生素的耐药性。这意味着治疗某些细菌性疾病(例如MRSA，结核病和淋病)极其困难，并增加了任何手术的风险。

监测AMR对于了解和阻止其传播至关重要，而DNA测序可以查明耐药机制并揭示传播模式。但是，基因组监测在中低收入国家(LMIC)中并不常见，而中低收入国家预计是受AMR影响最大的国家。

菲律宾在菲律宾卫生部内已建立了非常完善的抗菌素耐药性监测计划，该计划使用基于实验室的方法来跟踪抗菌素耐药性。2018年，研究人员帮助在其中建立了DNA测序设施，以建设菲律宾当地的基因组监测能力。这包括通过共享培训来建立当地的基因组学和数据解释能力。

从菲律宾全国20多个地点对样品进行了测序，重点是对最后一线抗生素具有抗药性的细菌，并被世界卫生组织列为开发新抗生素的首要病原体。研究小组共同分析了数据，创建了系统进化树，显示了细菌菌株之间的相互关系，并发现了几个高风险克隆。

将遗传发现与流行病学数据相结合，使研究人员可以查明特定位置的毒株。在一家医院中，他们在新生儿重症监护病房中发现了一簇相同的耐碳青霉烯抗药性肺炎克雷伯菌的菌群，并发现这种病正在医院内传播。该证据使医院能够加强其感染控制团队，以控制将来可能爆发的疫情。

菲律宾热带医学研究所项目的联合负责人Celia Carlos博士说：“在菲律宾，我们已有30多年的开发抗微生物药物耐药性监测计划的实验室方法来追踪AMR的经验。现在，通过与英国合作伙伴的合作，我们在菲律宾建立了全基因组测序的本地能力和专业知识，并在其他方法中增加了基因组监测，这有助于我们更快地鉴定出新出现的耐药菌株，因此我们可以了解正在发生的情况，防止AMR传播并挽救生命。”

基因组监测使研究小组能够按照菌株，耐药基因和耐药基因之间的关系来描述耐药细菌。通过基因组学，菲律宾现在在地方，国家和国际范围内对AMR有了更大的了解，从而可以在以前困难的水平上进行数据分析。与菲律宾公共卫生机构和世界卫生组织共享这些数据，以使本地和全球对碳青霉烯耐药性传播的了解。

了解世界各国对抗菌素耐药性的动态对于防止在全球范围内扩散很重要，因此需要增强这种能力的新技术和工具。菲律宾小组在国家监测网络内建立基因组学的工作是采用的典范，可以扩展以应对全球对抗菌素耐药性或其他感染的挑战。

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