雷利亚(Perilla)和他在UD化学与生物化学系的研究生和本科生团队正在使用超级计算机来模拟埃博拉病毒的内部运作，观察分子逐个原子运动以实现其功能的方式。在该小组的最新工作中，他们揭示了病毒的卷曲蛋白壳或核衣壳的结构特征，这可能是有希望的治疗靶标，更容易被抗病毒治疗破坏并击倒。

该研究在10月20日星期二出版的《化学物理学杂志》上得到了强调，该杂志由美国物理学会联合会(American Institute of Physics)出版，该联合会代表了12万多名成员组成的物理学会。

埃莉拉说：“埃博拉病毒的核衣壳看起来像一个紧紧的行走弹簧，其相邻的环相连。”“我们试图在计算机仿真中找到哪些因素可以控制今年春天的稳定性。”

埃博拉病毒的生命周期高度依赖于这种盘绕的核衣壳，该核衣壳包围病毒的遗传物质，该遗传物质由单链核糖核酸(ssRNA)组成。核蛋白保护该RNA不受细胞防御机制的识别。通过与不同的病毒蛋白(例如VP24和VP30)相互作用，这些核蛋白形成了一个最小的功能单元-复制机-用于病毒的转录和复制。

Perilla说，虽然核蛋白对核衣壳的稳定性很重要，但研究小组最令人惊讶的发现是，在没有单链RNA的情况下，核衣壳会迅速变得无序。但是仅RNA不足以使其稳定。研究小组还观察到带电离子与核衣壳结合，这可能揭示在病毒生命周期中其他重要细胞因子在何处结合并稳定结构。

佩雷利亚将研究小组的工作与寻找控制核衣壳稳定性的分子“旋钮”进行了比较，例如可以调节音量的旋钮以防止病毒复制。

UD团队为他们的研究建立了埃博拉核衣壳的两个分子动力学系统。一种包括单链RNA;另一种包括单链RNA。另一个仅包含核蛋白。然后使用德克萨斯高级计算中心的Frontera超级计算机-世界上最大的学术超级计算机对系统进行仿真。模拟花费了大约两个月的时间才能完成。

研究生研究助理徐超一负责分子模拟，而整个团队都参与了开发分析框架和进行分析的工作。对于徐和本科生研究助理Tanya Nesterova来说，撰写手稿是一次学习经历，他们以前没有直接参与这项工作。在UD的本科生研究学者计划和NSF的XSEDE-EMPOWER计划的支持下，她还接受了下一代计算科学家的培训。后者使她能够使用美国顶级超级计算机执行最高级别的研究。Perilla说，博士后研究员Nidhi Katyal的专业知识对于完成该项目也至关重要。