研究人员描述了如何评估抗生素是否具有新的作用机制
寻找新的抗生素制剂正在全面对抗细菌感染,尤其是由耐药性病原体引起的细菌感染。目的是确定一种以真正新颖的方式攻击病原体的物质。鲁尔大学波鸿(RUB)的基于系统的抗生素研究中心(Cesar)的团队在两份出版物中描述了如何评估一种新的抗生素是否具有新的作用机理。
他们分析了蛋白质组,即细菌中存在的所有蛋白质的总和,以了解细胞如何应对压力。该小组于2020年10月12日在《抗微生物药物和化学疗法》期刊上发表了他们的发现,该文章已被接受。
自2020年9月19日以来,《蛋白质组学》杂志的另一篇论文可作为早期参考资料在网上访问,研究小组评估了确定抗生素分子靶标的方法的适用性。
包括许多RUB学生在内的研究人员多年来一直在研究枯草芽孢杆菌模型生物接触各种药物后蛋白质组的变化。“目前的研究是对近100种物质的反应的汇总,”应用微生物学主席和Cesar负责人Julia Bandow教授解释说。
细菌对抗生素治疗的反应可以反映出生理压力,可以这么说:例如,如果抗生素引起脂肪酸生物合成途径的破坏,则该途径中的酶被上调。
既然人们已经很好地了解了枯草芽孢杆菌如何适应不断变化的条件以及细菌如何对不同的压力因子作出反应,我们经常可以使用蛋白质组反应得出结论,即新抗生素会破坏细胞中的哪个过程。”
波鸿鲁尔大学基于系统的抗生素研究中心主任,应用微生物学教授兼主席朱莉娅·班顿(Julia Bandow)
Bandow解释了蛋白质组反应方法的比较,简称CoPR。
相似或新的作用机制
这为确定有前途的新抗生素物质是否具有与已知抗生素作用相似或是否确实具有新的作用机理提供了基础。
“我们总是很高兴看到新的蛋白质组反应,因为这表明该物质的作用与先前测试的抗生素不同,”研究人员解释说。她说,在这种情况下,然后将对蛋白质组进行详细分析,以建立对反应原因以及作用机制的假设。
例如,研究人员更仔细地研究了人类普遍使用的第一种抗生素salvarsan,抗风湿性金诺芬抗生素,新型非典型四环素和新型反式翻译抑制剂。
目标是哪种蛋白质?
对于具有创新作用机制的新型抗生素,下一步必不可少的步骤是阐明细菌细胞中的直接分子靶标。
为此,第二项研究探讨了由安德鲁·艾米利(Andrew Emili)小组(波士顿大学)开发的一种目标识别技术在抗生素研究中的适用性。它基于活性成分和目标蛋白的色谱共洗脱。
研究人员将抗细菌药孵育了细菌细胞中的蛋白质,使其能够结合其靶标。在下一步中,通过色谱法分离蛋白质。当活性成分与目标蛋白紧密结合时,它会在分离过程中随其移动。
然后,研究小组使用质谱法搜索抗生素。除了与目标结合的抗生素外,还可以发现过量的游离抗生素。
Julia Bandow说:“当不使用蛋白质对活性物质进行相同的色谱分离时,就可以确定哪些组分含有游离活性物质。其他组分则是含有目标蛋白质的组分。”
在他们的研究中,Cesar团队不仅确认了广泛研究的抗生素的作用部位,还阐明了该技术可用于检测许多潜在的抗生素靶标。Bandow总结说:“这证实了这种方法识别新目标的潜力。”
塞萨尔
正在与铅发现中心有限公司(多特蒙德)合作在RUB建立基于系统的抗生素研究中心。
它旨在促进新活性物质的开发,并加强与地区,国家和国际上的工业参与者和大学的联系。塞萨尔由欧洲区域发展基金和北莱茵-威斯特法伦州出资约400万欧元。
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