OncoMX知识库可以研究癌症生物标志物和相关证据

华盛顿(2020年3月23日)-根据乔治华盛顿大学(GW)最近的一篇文章，OncoMX知识库将在相关证据的背景下改善癌症生物标志物的探索和研究。这篇文章发表于《临床肿瘤学临床癌症信息学杂志》，是一个名为“癌症研究和护理的信息学工具”的特别系列的一部分。

癌症生物标志物是生物指纹，即体液或组织中的分子，可以指示与各种癌症相关的过程。随着越来越多的研究和资金投入，越来越多的潜在新的癌症生物标志物被报道。然而，在初始结果的可重复性、临床验证和获得一致的生物标志物数据方面仍然存在挑战。

OncoMX是一个探索癌症生物标志物数据和相关证据的知识库和门户，旨在将癌症生物标志物和相关数据类型整合到元门户中，使癌症生物标志物的研究可以与其他相关多维数据类型并排进行。

GW生物医学科学研究所的博士生、论文的第一作者Hayley Dingerdissen说，“许多研究小组和财团进行了研究，并报告了可用的癌症生物标志物数据，这些数据可能是有效的。”“将这些数据组合成单一元资源以促进更有效的癌症生物标志物的研究和探索似乎是合理的，但现实是，在统一异构结构化数据方面存在许多挑战。”

为了应对与数据收集和访问相关的挑战，on CX团队致力于整合来自早期检测研究网络(EDRN)和FDA的公共癌症生物标志物数据，以及与持久性标识符相关的其他相关数据，这些数据是长期参考。文档、文件、网页或其他对象。该团队整合了癌症突变、癌症差异表达、癌症表达特异性、人类和小鼠健康基因表达和生物标志物数据等信息。

所获得的数据为使用生物计算对象框架将异构生物标记证据集成到OncoMX中提供了基础，以改善癌症生物标记的探索。

华盛顿大学医学院和卫生学院的生物化学和分子医学教授Raja Mazumder博士说：“OncoMX旨在将现有的生物标记相关数据与新生成的数据相结合，以便为癌症生物标记研究建立定制资源。”《科学》杂志，GW癌症中心成员，该研究的资深作者。“专注于本体驱动的生物标志物数据统一和各种相关实验数据的交叉比较，特别是包括大量的文献挖掘发现、NCI的EDRN和FDA生物标志物以及Bgee的健康基因表达数据，与其他方法相比，OncoMX是一种独特的综合癌症资源。”

展望未来，OncoMX团队正在积极寻求新的数据类型，如成像、聚糖生物标志物、药物靶标、选择性剪接等。他们还继续致力于将数据模型扩展到新的类型，根据用户要求整合其他癌症的FDA数据集，并扩展对关键癌症资源的交叉引用。

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