发现重大技术错误将改善表观遗传学研究

瑞典林雪平大学的研究人员表示，作为表观遗传学中最广泛使用的方法之一，DIP-seq中的错误可能会导致误导性的结果。这在利用“大数据”和先进的DNA分析方法研究大量表观遗传数据的研究领域具有重要意义。这个错误可以在以前收集的DIP-seq数据中得到纠正，这可能会在以前关于人类表观遗传学的研究中产生新的发现。研究结果发表在《自然方法》杂志上。

原则上，我们身体的每个细胞都有相同的DNA序列。然而，不同的细胞类型使用非常不同的基因组。这意味着需要额外的信号来控制每个细胞类型中使用的基因。一种这样的信号由直接与DNA序列相连的化学基团组成。DNA序列的这些化学修饰形成了通常所说的“表观遗传密码”。基因的表观遗传调控在人类正常发育中起着重要作用，但也与癌症等多种疾病有关。

林雪平大学的研究人员现在发现了表观遗传学研究中最常用的方法之一——DNA免疫沉淀测序(DIP-seq)。简而言之，这种方法是基于选择携带特定表观遗传信号的DNA部分。为此，研究人员使用各种抗体来识别特定的化学结构并与之结合。然后，对抗体进行分类，并确定它们的结合DNA序列。内斯特的研究小组注意到，某些表观遗传标记总是出现在同一个地方，即使DNA根本不应该包含那些表观遗传标记。

“我们的研究结果强调了在研究中使用高通量技术时实验验证的重要性。如果没有这样的实验严谨性，广泛存在的错误可能会被隐藏在视线之内，并在研究中保持‘一致性’，”该系助理教授科尔姆内斯特说。和这项研究的首席研究员。

通过分析超过125个现有数据集，内斯特的研究小组发现，DIP-seq通常检测到没有任何表观遗传标记的DNA序列。这些假阳性占检测到的DNA区域的50-90%,并且不同数据集之间的影响不同。“既然我们知道了错误，减去它就很简单了。纠正这些错误将允许从公共领域的大量表观遗传学数据中发现新的发现，”Colm Nestor说。

研究人员指出，以往研究的大部分结果是正确的。

“我们应该继续使用这些方法，但通过使用适当的实验设计来纠正这些错误”，Colm Nestor说。

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