ECCITEseq 一种新的基因组学工具 扩展了多模式单细胞分析

由纽约基因组中心(NYGC)技术创新实验室(@NYGCtech)的科学家开发的一项名为ECCITE-seq的新技术，允许研究人员对单个细胞的各种信息模式进行高通量测量。

发表在《自然方法》杂志上的ECCITE-seq技术代表了CRISPR兼容转录组的细胞指数和通过测序扩增的表位。ECCITE-seq并行分析来自数千个单细胞的不同类型的生物分子，提供了广泛的信息，可用作基于CRISPR的混合遗传筛查中的读数。

NYGC科学总监兼首席执行官Tom Maniatis博士表示：“ECCITE-seq是下一代工具，可以增强我们更彻底地研究单个细胞的能力，并更好地了解疾病的机制。

2017年，技术创新实验室发布了相关工具CITE-seq，可以检测单个细胞中的蛋白质和转录组。通过使用相同的概念对单个样本进行条码化，他们允许单细胞RNA测序实验在2018年发布的名为细胞哈希的方法中重复使用。

“对于ECCITE-seq，我们调整了之前在蛋白质检测和样品复用方面的工作，并将它们与直接检测单个指导RNA的能力相结合，用于CRISPR筛选，”NYGC技术创新实验室经理Peter Smibert博士说。作者的新研究。“ECCITE-seq中的个体测量是模块化的，因此研究人员可以选择他们需要为他们提出的问题进行哪些测量，”他继续说道。

“也许这种方法最重要的应用在于CRISPR屏幕，”纽约科技创新实验室的高级研究科学家、该研究的第一作者Eleni Mimitou博士说。“将指南的直接捕获与多模式阅读结合起来，有望使这些单细胞筛选更加强大和有效，并揭示出不能在单独的RNA水平上检测到的细胞表型，”她继续说道。在原理证明分析中，Mimitou博士和他的同事们展示了高效的引导捕获，引导对目标转录物的特异性反应，并显著降低了蛋白质水平。ECCITE-seq与现有的CRISPR指导文库兼容，可广泛用于检测单细胞水平的干扰。

ECCITE-seq基于10x Genomics的单细胞免疫分析解决方案，使研究人员能够重建单个免疫细胞的克隆类型。研究人员将蛋白质检测与转录组和克隆性结合起来，以表征皮肤T细胞淋巴瘤患者中的恶性群体。组合模式可以详细剖析特定的细胞亚型，并有助于揭示恶性细胞的转录组学特征。

“虽然我们已经证明了这种方法在癌症中的实用性，但这是一个可以应用于一系列生物系统和疾病研究的平台。随着未来的发展，包括新模型的加入，我们将ECCITE-seq和未来扩展它的方法视为更好地检查单个细胞的基本工具，”Smibert博士解释道。

为了更好地服务单细胞RNA-seq社区，这个小组已经通过CITE-seq.com公开分享协议和建议。这个平台导致许多其他团体在发表之前使用ECCITE-seq。

创新实验室是NYGC的一个专业孵化器，由一个多学科团队组成，其中的科学家和教师以及许多研究合作者可以探索和测试突破性的基因组工具和想法。这项研究的共同作者包括技术创新实验室的其他成员，NYGC大学的主要教员Rahul Satija博士，纽约大学的联合任命Neville Sanjana博士，以及纽约大学的Koralov实验室和Jackson实验室的欧阳实验室。

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