BridgIT孤儿和新酶反应的新工具

有效蛋白质项目使我们能够控制细胞中产生的产物。然而，对于许多负责这些产物的生化反应，我们不知道是特定的蛋白质还是产酶基因负责。这些反应被称为“孤儿”，成为蛋白质领域工程师的一大难题。

此外，预测新颖和假设的生化反应的软件——现代生物化学家和合成生物学家的常用工具——无法为它们分配潜在的基因，这意味着没有记录的DNA序列可供科学家调整以改变蛋白质或酶的产生。此外，为了使问题进一步复杂化，还有许多“孤儿”代谢酶，其具体反应未知，从而在我们的代谢网络和途径图谱中留下了重要的空白。

简而言之，在从生物技术到医学的应用中，找出哪些基因对应于催化孤儿或新假设反应的酶/蛋白质已经成为一个关键问题。

幸运的是，EPFL Vassily Hatzimanikatis实验室的化学工程师找到了解决办法。该团队开发了一种新的计算方法和在线工具，称为“BridgIT”，用于识别候选基因，并催化孤儿和新假设反应的蛋白质。BridgIT需要知道的只是反应位点原子周围的四个连接键，它可以为93%的分析酶促反应正确注释蛋白质。如果算上7只挂钩债券，这一比例将升至近100%。

为了测试BridgIT的准确性，研究人员将其与曾经是孤儿但现在被分配给基因和酶的反应数据库进行了比较——基本上，这些反应已经成为“非孤儿”。BridgIT预测了234个反应中的211个(90%)的精确或高度相关的酶。对于曾经是新的并被赋予酶的假设反应，BridgIT在379个反应中发现了334个精确的酶(88%)。

作者写道：“布里吉特.将使研究人员能够填补代谢网络中的知识空白，并将作为设计新酶来催化非自然转化的起点。”

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