数据驱动科学的开源工具
知识共享是科学进步的重要推动力。EPFL的“蓝脑计划”采用了开放的科学方法,并创建了开源的“蓝脑网络”,允许构建数据集成平台。蓝脑Nexus通过对大规模数据和模型的搜索、整合和跟踪,实现数据驱动的科学。
EPFL蓝脑计划(Blue Brain Project)日前宣布发布其开源软件项目“Blue Brain Nexus”,旨在实现神经科学和更广泛的科学界的公平(可搜索、可访问、可互操作和可重复使用)数据管理原则。这是EPFL开放科学计划的一部分,该计划旨在最大限度地扩大学校研究的范围和影响。
蓝脑计划的目的是为啮齿类动物的大脑以及最终人类的大脑建立精确的和生物学上详细的数字重建和模拟。蓝脑Nexus在蓝脑数据驱动建模周期的各个阶段都起到了支持作用,包括但不限于实验数据、单细胞模型、电路、仿真和验证。大脑是一个复杂的多层次系统,是我们这个时代最大的“大数据”问题之一。因此,蓝脑Nexus旨在组织、存储和处理异常大量的数据,并支持大量用户的使用。
蓝脑Nexus的核心是知识图谱,作为数据仓库和元数据目录。通过允许用户设计任何域,它仍然与要表示的域无关,这使得其他科学程序(如天文学、医学研究和农业)可以使用Blue Brain Nexus作为其数据平台的核心。蓝脑Nexus服务已经在评估是否可以整合到人脑项目的神经信息学平台中。
蓝脑Nexus的知识图谱致力于对实现科学进步的贡献,并将其起源视为一等公民,从而便于追踪数据源及其使用情况。这使用户能够评估数据的质量,从而建立信任。Blue Brain Nexus的另一个关键功能是其语义搜索功能,该功能将搜索与数据及其来源集成在一起,从而使科学家能够轻松发现和访问新的相关数据。
EPFL教授肖恩希尔说:“我们看到几乎所有的科学都被数据所主导。蓝脑Nexus代表了多年研究的成果,旨在构建最先进的语义数据管理平台。我们迫不及待地想看到社区将如何使用Blue Brain Nexus。”
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