科学家首次破译条纹鲶鱼全基因组

一条条纹鲶鱼，位于传说中的湄公河。它是东南亚最长的河流，也是世界上最大的内陆渔场。越南是这一物种的主要生产国，一年养殖了约110万吨鱼。但与其他商业鱼类不同，如大西洋鳕鱼或斑点鲶鱼，几乎没有基因组数据来指导条纹鲶鱼的育种。

现在，来自冲绳科学技术研究生院(OIST)的科学家与越南科学技术研究所的研究人员合作，解码了条纹鲶鱼的整个基因组。他们的研究结果发表在2018年10月5日的BMC Genomics上，揭示了这一物种的进化谱系和可能是其健康发展关键的基因的新细节。

“通过这些基因组数据，很容易检查个体鲶鱼种群中存在的多样性，”OIST海洋基因组小组负责人兼该研究的第一作者Eiichi Shoguchi说。“例如，在水产养殖中，一条鱼对疾病的抵抗力可能高于另一条鱼。现在，你可以检查一个个体的基因组，知道哪个基因与抗病性有关。”

利用下一代测序技术，研究人员收集了高质量的基因组数据，并将其组装成完整的基因组。他们将新的基因组与之前发表的斑点鲶鱼和斑马鱼的基因组数据进行了比较——斑马鱼是一种与鲶鱼密切相关的模式生物，具有进化性。科学家已经发现了亚洲鲶鱼和它的美洲表亲之间的明显差异，以及与斑马鱼相关的进一步差异。

特别是，他们发现条纹鲶鱼的两个基因的缺失在斑马鱼中保持完整，并允许该物种产生自己的防晒霜。在河底吃东西的鲶鱼，紫外线范围之外，可能不需要这种保护。条纹鲶鱼确实比斑马鱼拥有更多的类胰岛素生长因子基因，这可能是其健康生长发育的关键。

利用斑点叉尾鮰的数据，科学家们绘制了一幅想象中的条纹叉尾鮰染色体图——鱼类基因所在的线性支架。该地图指出了未来研究的方向，比较物种，追踪它们的谱系，调查它们的基因功能。进化论者和水产养殖者都可以从条纹鲶的基因组中学习，现在它已经被解码了。

越南大学基因组研究所实验室主任Oanh TP Kim说，在不久的将来，水产养殖者可以开始在他们自己的条纹鲶鱼中寻找和选择最好的DNA片段，称为“分子标记”。技术和这项研究的共同第一作者。

条纹鲶的基因组信息将使我们能够“开发这些分子标记，然后将它们应用于分子标记辅助选择，以获得鲶鱼育种中经济上重要的特征。"

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