开创性的实时代码文章允许科学家相互比较结果

在线期刊ELife发表了第一篇关于“计算再现性”的文章，文章中将数字与生成这些数字所需的软件、数据和计算环境相结合。

读者可以更改底层代码并生成修改后的数字，以便更好地理解、验证或构建作品。例如，他们可以重新运行代码来查看没有异常值的图表，或者使用不同类型的图表来更有效地显示趋势。

研究人员表示，可重复的文章是迈向未来的重要一步，而报纸不仅仅是静态的页面。去年，《网络生活》首次以传统格式发表了可重复的文章。

“eLife正在做的是研究acceleration of commitment的文章，使它们不仅是书面文字，而且是这种多方面的交流媒介，包括数据和代码作为不可或缺的一部分，”Lorena Barba说。

华盛顿特区乔治华盛顿大学的机械和航天工程师和重复性专家.

据英国剑桥的eLife产品和用户体验负责人朱利亚诺马西奥奇称，这篇文章是该杂志现在计划扩大规模的技术原型；想要利用类似功能的作者可以联系期刊进行考虑。

共享代码

这些技术将使研究人员在未来更容易重用彼此的代码。用户不能上传自己的数据并将其添加到数字中，但Maciocci表示，他们的计划是最终下载这些文章并在自己的计算机上运行。

为了分析自己的发现，例如，使用作者的代码。

重用这样的软件通常很困难，涉及一组令人困惑的相互依赖的工具，每个工具都必须下载和安装。ELife的概念验证版本允许用户在无需安装的情况下查看和执行文章正文中的代码。“读者在执行代码和使用数据时没有摩擦，

”巴尔巴解释道。

在推特上，纽约洛克菲勒大学的神经生物学家柯里巴格曼将这一进展描述为“未来论文”。“新的eLife格式为共享数据和分析提供了更多的机会，从而建立了共同的工作。

巴格曼在后续邮件中补充道。

加州大学戴维斯分校的生物信息学家Titus Brown表示，制作可重复文档的能力并不新鲜。研究人员可以通过将提供交互式实验室笔记本的Jupyter Notebook等工具与基于云的软件Binder相结合来实现这一点。

该软件允许其他人执行代码。“现在缺乏的是与出版商的整合，”布朗说

计算胶囊

一些期刊，包括F1000Research、GigaScience和Cell Press，已经允许作者在他们的文章中嵌入来自基于云的平台Code Ocean的可执行“计算胶囊”。

代码和执行环境以交互式小部件的形式呈现。2018年8月，Nature Methods，

Nature Biotechnology和Nature Machine Intelligence与Code Ocean一起启动了一项试点计划，使用该公司的计算胶囊进行同行评审。

eLife是第一本使代码成为文章本身的一部分的期刊。

2月20日发布的增强型eLife文章描述了试图复制2012年论文2，该论文关于癌细胞中经常发生突变的基因如何影响其他基因的表达。

该研究是作为再现性项目的一部分进行的：癌症生物学- 一项评估肿瘤学研究结果可重复性的系统性工作- 由弗吉尼亚州夏洛茨维尔的开放科学中心和加利福尼亚州帕洛阿尔托的科学交流中心领导。

使用一组名为eLife可重复文档堆栈的开源工具创建，其中包括Binder和一个名为Stencila Desktop的专用文档编辑器，可重复的文章看起来与其他任何文章一样，

除了每个图形都装饰有一个小蓝色箭头。当用户单击该图标时，用于生成图形的编程代码将在实时内联文本编辑器中显示。当用户更改代码时，图形会更新，

允许用户调整数据的显示(请参阅“计算再现性”)或测试删除异常值的效果。

炸药图

宾夕法尼亚大学佩雷尔曼医学院的生物信息学家Casey Greene指出，例如，该文章使用带有误差线的条形图总结了一些数据。这种配置有时被贬低地称为炸药情节，

因为它与狂野的西式爆炸物雷管相似- 并且它有可能掩盖基础数据。使用这篇可重复的文章，读者可以用另一种风格重新创建该情节，以更有效地揭示趋势。然而，他们还不能与其他读者分享这样的修改，

这是Greene希望看到的一个特征。“对我而言，这对于这项技术来说将是明显的胜利，”他说。

根据Maciocci的说法，宣布这篇文章的博客文章是该出版商最受欢迎的，自2月20日以来有超过7,500个独特观点；该文章本身只有不到2,000名用户。“我们绝对有责任继续推进内容。”

他指出，该文章的所有软件都是开源的，可供任何感兴趣的出版商使用，但尚未与该期刊联系。

作为原型，该文章缺少参考文献和补充数据，但Macioci说这些将在未来的文章中提供。

对于研究作者，开放科学中心主任Tim Errington，该文件代表了研究文章本身的演变。“这可能是向我迈进的一步，作为研究人员，我不必将我的内容从我可重复的工作流程转移到扁平版本，

以便您可以查看它- 实际上有可能只暴露我所做的一切。 ”

他承认，现在还没有，但这是一个开始。“问题是，很好，现在我们做什么？我们如何继续做得更好？“

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